Como configurar o seu apt-get para funcionar com proxy (ISA Server, Squid) de uma forma simples e que pra mim funcionou sem problemas.

Primeiro, estando com terminal aberto, vá em:

sudo vi /etc/environment

Adicione as seguintes linhas e salve (este caso é para servidores que não requerem autenticação):

http_proxy="http://[ip_do_firewall]:[porta]"
ftp_proxy="http://[ip_do_firewall]:[porta]"

Acquire {
        HTTP::Proxy [ip_do_firewall]:[porta];
        FTP::Proxy [ip_do_firewall]:[porta];
};

alias wget="wget -Y on"

Observe que a porta 3128 é padrão do Squid, verifique a porta HTTP e FTP e façam as alterações necessárias.

Agora vá em:

sudo vi /etc/apt/apt.conf

E adicione as seguintes linhas:

Acquire{
        HTTP::proxy "http://[ip_do_firewall]:[porta]";
        FTP::proxy "http://[ip_do_firewall]:[porta]";
}

Observe novamente a configuração das portas. Adicione as seguintes linhas em “/etc/profile“:

export http_proxy ftp_proxy

Complementando, no caso do proxy que requer autenticação:

sudo vi /etc/environment

http_proxy="http://[usuário]:[senha]@[ip_do_firewall]:[porta]"
ftp_proxy="http://[usuário]:[senha]@[ip_do_firewall]:[porta]"

Acquire {
HTTP::Proxy [usuário]:[senha]@[ip_do_firewall]:[porta];
FTP::Proxy [usuário]:[senha]@[ip_do_firewall]:[porta];
};

alias wget="wget --proxy-user=[usuário] --proxy-passwd=[senha]"

(http://www.vivaolinux.com.br/dica/Configurando-aptget-com-proxy/) – Giovanni Won Dias B. Victorette em 01/05/2005